Luego de varios eventos llevándose acabo en la historia de los Avengers, Phil Coulson regresa a SHIELD, la corporación mundial que él organiza y que entrena a un grupo de agentes para ocuparse de casos clasificados. Ellos buscan investigar nuevos, desconocidos y extraños casos en todo el mundo para proteger a los ordinarios de los que no son tan ordinarios. Su equipo es conformado por los agentes Grant Ward, Melinda May, Leo Fitz, Jemma Simmons y la nueva recluta, la hacker de computadoras, Skye.
Estando en Perú, Coulson se encuentra con una persona de su pasado. Cuando el científico Dr. Franklin Hall fue secuestrado, el equipo tuvo que salvarlo y Skye fue su única salvación. Ellos hicieron todo lo posible para arruinar sus planes. Después de la serie de casos y giros, el equipo tiene un enemigo notorio en la forma de The Clairvoyant. Luego descubren que no pueden confiar en nadie pues han sido entrampados por un traidor. Al final, cuando la esperanza era poca, la Agente Maria Hill vuelve y se une a SHIELD. Los fans esperan ansiosos el final de la primera temporada, el cual saldrá al aire el 13 de mayo.
Los ejecutivos encargados de las decisiones creativas del programa están optimistas respecto a una segunda temporada. La productora Maurissa Tancharoen afirmó que ellos están planeando continuar con el show, incluso si es desechado por ABC. Están planeando hacer un proyecto Kickstarter, posiblemente para una película especial. Recientemente hubo noticias sobre una proposición para una serie basada en "Agent Carter". Se espera la confirmación en las próximas semanas de sí continuará el equipo de Marvel y ABC para la temporada 2 de "Agents of SHIELD", o si comenzará la nueva serie "Agent Carter". Una de las más grandes dudas de los fans es quién será The Clairvoyant, y quién o qué es la criatura azul que descubrió Coulson en Tahiti.
